Zum Wintersemester 2008/09 wurde an der Universität Osnabrück die Umstellung des gesamten Studienangebots  – mit Ausnahme des juristischen Staatsexamens – auf eine konsekutive Bachelor- und Master-Struktur erfolgreich abgeschlossen. Sämtliche der neu eingerichteten Bachelor- und Masterstudiengänge – und das sind immerhin mehr als 160 (Teil-)Studiengänge – haben seither das Qualitätssiegel des Akkreditierungsrates erhalten. Siehe Studiengänge von A-Z.

Eine Allgemeine Prüfungsordnung wurde im März 2009 genehmigt, die die studiengangsübergreifenden Regelungen für Bachelor- und Masterstudiengänge an der Universität Osnabrück enthält. Damit wird eine Vereinheitlichung der bislang verschiedenen Prüfungsregelungen, beispielsweise zur Wiederholbarkeit von Prüfungen, erreicht. Bis zum Wintersemester 2010/11 sollen die studiengangsspezifischen Prüfungsordnungen auf die Allgemeine Prüfungsordnung umgestellt werden, die dann für nahezu alle Studiengänge gilt.

Die derzeitige Kritik der Studierenden an den Bachelor- und Masterstudiengängen richtet sich insbesondere gegen die Verschulung des Universitätsstudiums durch die Bologna-Reformen, die in der bisherigen Umsetzung zu wenig Flexibilität und Freiraum für Eigeninitiative und Mobilität lassen. In Übereinstimmung mit dieser Kritik sieht der im September 2009 beschlossene Hochschulentwicklungsplan als ein Kernziel die Verbesserung der Studienstruktur und Studierbarkeit durch die Überarbeitung der Modulbeschreibungen im Hinblick auf eine stärkere Kompetenzorientierung und angemessene Prüfbelastung vor. Zugleich soll die curriculare Struktur der Studiengänge so modifiziert werden, dass mehr Wahlmöglichkeiten auch in Hinblick auf einen Auslandsaufenthalt bei der Gestaltung des Studiums bestehen.

Mit diesen und weiteren Reformpunkten, wozu etwa die Optimierung der Prüfungsverwaltung und die Sicherstellung der Überschneidungsarmut des Lehrangebotes gehören, befasst sich insbesondere die im Frühjahr 2009 eingerichtete Projektgruppe „Qualität in der Lehre“ unter Leitung der Vizepräsidentin für Studium und Lehre. Darüber hinaus ist eine Ringvorlesung, die im Januar 2010 beginnt, Themen der Studienreform gewidmet.